Медресе „Нювваб“ (1922 – 1950-те години)
Корените на института са в средното духовно училище „Нювваб“ в Шумен, открито през учебната 1922/1923 г. В началото на 30-те години към него е създаден тригодишен висш отдел. Учебните му планове и програми са изготвени по модела на университета „Ал-Азхар“ в Кайро.
В продължение на повече от 25 години „Нювваб“ подготвя имами, хатиби, мюфтии и учители за медресетата и частните турски училища в България.
Полувисш духовен ислямски институт (1991 – 1998)
През 1991 г. е създаден Полувисшият духовен ислямски институт (ПДИИ), който използва опита на „Нювваб“. За около седем учебни години той натрупва нов опит, а през 1993/1994 и 1994/1995 г. нивото на обучението достига задоволително ниво.
Възпитаниците на ПДИИ работят в духовенството, но нямат право да бъдат избирани за мюфтии или да преподават в средните духовни училища. Полувисшето образование не може да покрие нуждата от теолози с висше образование.
Висш ислямски институт (от 1998 г.)
По предложение на Главното мюфтийство на мюсюлманите в Република България, с Постановление № 63 на Министерския съвет от 20 март 1998 г. ПДИИ е закрит и на негово място е открит Висшият ислямски институт.
Учебните планове и програми са утвърдени през 1999 г. в съответствие със Закона за висшето образование и Наредбата за държавните изисквания за придобиване на висше образование по „Теология“ (ПМС № 155 от 9 юли 1998 г.).
Днес възпитаниците на института работят като имами, проповедници, мюфтии, учители по религия, преводачи и журналисти. Много от тях продължават обучението си в магистърски и докторски програми в Турция, Австрия и други държави.